香港国际机场转型為商业、文化、旅游於一身的机场城市。杨尚伟、吕芝珊、陈杰、李胜祥四位机场骨干迎来职涯新阶段，肩负传承专业的使命。
　　三位背景迥异的年轻人加入机场团队，展开他们的蜕变之旅。天才少年程日飞远赴珠海，主理首个「经珠港飞」跨境旅行团；千金叶舒恩投身客服与停机坪运作，在实战中磨礪成长；前偶像车成轩转战机场保安，寻回自我价值…
　　机长郭啟光一次著陆决策引发争议，新任主管高雅雯在聆讯投下关键一票。啟光却暂别飞行，往航空学院担任导师；新晋副机师方可儿在停机坪运作员关宇安的守护下展开飞行；空服员张颖调职中转大楼地勤，挑战新岗位。
　　《飞常日誌II》刻画机场人的专业与薪火相传，展现翱翔云端的动人篇章！